【記者呂苡榕台北報導】五年五百億「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」推行之初，因為以人文、社會科學見長的政治大學不在補助之列，引發政大教師正反雙方的辯論，雖然不少人認為這是因為評定標準的性質，導致人文社會科學的學術成就無法在短期內被反映出來，這不代表政大不夠資格獲得補助；但也有部分教師認為，政大不拿這些錢，或許反而是好事。因為一旦獲得補助，學校的發展也是必受到許多限制和約束。
對於大學評鑑相關規定的增加，競爭型專案數量的成長，兩者雙管齊下，對高等教育造成的後續效應，不只是學術風氣的扭曲，還有更嚴重的大學自治的崩潰。東吳大學物理系教授劉源俊說，這是當權者的「陽謀」。
1990年代，大學裡生氣蓬勃，不但教師對於社會議題敢提出許多見解，學校上下也一齊維護校園的自主性，學生不只研究學問，也關心社會，發展出許多異議性社團。劉源俊說，當時教育部對於大學限制不多，因此也讓學校有空間自行發展。
1994年舊的《大學規程》遭廢止，取而代之的是《大學法》的實施，劉源俊認為，從那時開始大學自治的門就逐漸關閉，一直到2005年《大學法》通過修訂，校園自治更走上崩潰之路。
使用評鑑、競爭型專案補助等方式，在上位者把大筆經費扣在手中，劉源俊指出，每個大學必須轉型成符合他們要求的樣子，才有辦法拿到錢，為了拿到錢日夜辛苦，每個學校從上到下民不聊生。由於是競爭型專案，數量有限，所以各校間、各系所間、甚至各個教師間都成為競爭狀態。